แม่น้ำขนาดใหญ่และทะเลสาบของแอฟริกามีบทบาทสำคัญมากสำหรับทวีปนี้ เนื่องจากแม่น้ำเหล่านี้เคยชินกับการรดน้ำและชลประทาน มีการสร้างอ่างเก็บน้ำจำนวนหนึ่งบนแม่น้ำสายใหญ่ซึ่งมีปริมาตรรวมเกินกว่าสิบห้าลูกบาศก์กิโลเมตร ที่ใหญ่ที่สุดคือ Nasser, Kariba และ Volta ทะเลสาบขนาดใหญ่ส่วนใหญ่ตั้งอยู่บนที่ราบสูงแอฟริกาตะวันออกและมีความลึกพอสมควร ตัวอย่างเช่น Tanganyika ในตัวบ่งชี้นี้ทั่วโลกเป็นอันดับสองรองจาก Baikal จุดที่ลึกที่สุดอยู่ห่างจากผิวน้ำ 1470 เมตร ทะเลสาบที่ใหญ่ที่สุดในทวีปคือวิกตอเรีย
เรตติ้ง "แม่น้ำที่ใหญ่ที่สุดในแอฟริกา" นำโดยแม่น้ำไนล์ ความยาวรวม 6671 กม. มันเริ่มต้นในรูปแบบของแม่น้ำ Kagera และหลังจากผ่านทะเลสาบหลายแห่งแล้วไหลออกมาภายใต้ชื่อ White Nile นอกจากนี้ ใกล้เมืองคาร์ทูม แม่น้ำบลูไนล์ไหลเข้ามา ซึ่งออกมาจากทะเลสาบทาน่า ซึ่งตั้งอยู่ในที่ราบสูงเอธิโอเปีย เมื่อรวมเป็นหนึ่งเดียวแล้ว แม่น้ำขนาดใหญ่ของแอฟริกาเหล่านี้ก่อตัวเป็นแนวกว้างมาก ซึ่งเรียกว่าแม่น้ำไนล์ทางตอนบนมีทะเลสาบ น้ำตก และแก่งจำนวนมาก แม่น้ำสาขาและกิ่งก้านมากมายปรากฏบนที่ราบ ดังนั้นหุบเขาจึงกลายเป็นแอ่งน้ำค่อนข้างมาก ด้านหลังหนองน้ำ ปลายน้ำ ริมฝั่ง มีทางเดินสีเขียวที่เกิดจากแนวต้นไม้แคบๆ เทียบกับพื้นหลังของทะเลทรายสีเหลือง ดูตัดกันค่อนข้างมาก
ส่วนสำคัญของแม่น้ำล้อมรอบด้วยทะเลทรายที่ไม่มีน้ำ อย่างไรก็ตามเรื่องนี้ แม่น้ำไนล์ก็เต็มไปด้วยน้ำเสมอ โดยเฉพาะอย่างยิ่งในฤดูร้อนและฤดูใบไม้ร่วง เช่นเดียวกับแม่น้ำสายสำคัญอื่นๆ ในแอฟริกา แม่น้ำมีความสำคัญอย่างยิ่งต่อการเกษตร ความจริงก็คือว่าหลังจากการลดลงของน้ำ ชั้นของตะกอนยังคงอยู่ซึ่งทำให้ดินอุดมสมบูรณ์ สิ่งนี้ช่วยให้คุณได้รับผลตอบแทนที่เหมาะสม ไม่น่าแปลกใจที่หุบเขาไนล์กลายเป็นแหล่งกำเนิดของมนุษยชาติเมื่อหลายพันปีที่แล้ว ต้องขอบคุณเขาที่เกษตรกรรมปรากฏตัวครั้งแรกในดินแดนอียิปต์สมัยใหม่และเป็นหนึ่งในรัฐที่มีอำนาจแห่งแรกในโลกที่ก่อตั้งขึ้น
ที่สองในรายการ "แม่น้ำสายสำคัญของแอฟริกา" คือคองโก ยาว 4320 กม. ถือว่าอุดมสมบูรณ์ที่สุดในซีกโลกตะวันออกทั้งหมด ตลอดเส้นทางของแม่น้ำ แม่น้ำสาขาหลายแห่งจากภาคใต้และภาคเหนือของทวีปติดกับมัน ในช่วงเดือนมีนาคมถึงพฤศจิกายน คองโกได้รับอาหารจากแม่น้ำสาขาด้านขวาเป็นหลัก และตั้งแต่เดือนกันยายนถึงมีนาคม - โดยแม่น้ำสาขาด้านซ้าย คำอธิบายสำหรับเรื่องนี้ค่อนข้างง่าย: ความจริงก็คือฤดูฝนในซีกโลกต่าง ๆ ของแผ่นดินใหญ่ตกในเวลาต่างกัน ความแตกต่างเล็กน้อยนี้มีบทบาทเชิงบวก เพราะต้องขอบคุณเขาที่ทำให้แม่น้ำไหลเอื่อยตลอดทั้งปี
เมื่อคองโกไหลลงสู่มหาสมุทรแอตแลนติก ปากขนาดใหญ่จะก่อตัวขึ้น ดังนั้นน้ำจากคองโกจึงลึกลงไปในแม่น้ำ (ไม่เกิน 17 กิโลเมตร) ภายใต้อิทธิพลของมัน ผิวน้ำของมหาสมุทรยังคงความสดอยู่ที่ระยะทางประมาณ 75 กิโลเมตรจากปาก น่านน้ำของคองโกมีสีน้ำตาลก่อนแล้วจึงเปลี่ยนเป็นสีเหลือง มันโดดเด่นเหนือน้ำทะเลสีฟ้าแม้ห่างจากชายฝั่งสามร้อยกิโลเมตร
แม่น้ำสายสำคัญอื่นๆ ในแอฟริกา ได้แก่ ไนเจอร์ (4160 กม.), แม่น้ำซัมเบซี (2660 กม.) และแม่น้ำออเรนจ์ (1860 กม.)